COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-13 17:00:00 3.425164 3.425164 3.570770
2021-06-12 17:00:00 3.148297 3.148297 3.596036
2021-06-11 17:00:00 3.461461 3.461461 3.650336
2021-06-10 17:00:00 3.650891 3.650891 3.768782
2021-06-09 17:00:00 3.573460 3.573460 3.843997
2021-06-08 17:00:00 3.139645 3.139645 3.902417
2021-06-07 17:00:00 4.763508 4.763508 4.041131

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-13 17:00:00 1.408451 1.408451 2.875231
2021-06-12 17:00:00 2.172285 2.859961 2.950025
2021-06-11 17:00:00 2.994652 2.994652 3.048255
2021-06-10 17:00:00 3.470320 3.470320 3.139238
2021-06-09 17:00:00 5.020921 5.020921 3.322944
2021-06-08 17:00:00 2.465483 2.465483 3.380083
2021-06-07 17:00:00 4.318937 1.256039 3.368676

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-13 17:00:00 14.673913 8.219178 9.424791
2021-06-12 17:00:00 3.768116 8.985507 9.430496
2021-06-11 17:00:00 15.805471 9.422492 9.748803
2021-06-10 17:00:00 9.326425 10.942249 9.388681
2021-06-09 17:00:00 8.933718 8.933718 9.398271
2021-06-08 17:00:00 10.670732 10.670732 9.230048
2021-06-07 17:00:00 1.851852 9.239940 8.852888

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-13 17:00:00 4.989605 4.989605 4.453896
2021-06-12 17:00:00 3.857281 3.857281 4.365944
2021-06-11 17:00:00 5.747126 5.747126 4.509262
2021-06-10 17:00:00 3.945372 3.945372 4.679232
2021-06-09 17:00:00 4.759916 4.759916 4.776224
2021-06-08 17:00:00 2.476654 2.476654 4.832979
2021-06-07 17:00:00 3.142627 3.142627 4.904084

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-13 17:00:00 3.667665 3.667665 3.234471
2021-06-12 17:00:00 3.063565 3.063565 3.254455
2021-06-11 17:00:00 3.236825 3.236825 3.342890
2021-06-10 17:00:00 3.219347 3.219347 3.419737
2021-06-09 17:00:00 3.147967 3.147967 3.545191
2021-06-08 17:00:00 3.191760 3.191760 3.681952
2021-06-07 17:00:00 8.416548 2.800633 3.775257

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-13 17:00:00 10.049020 10.049020 8.063858
2021-06-12 17:00:00 6.885246 6.885246 8.028182
2021-06-11 17:00:00 9.229748 9.229748 8.103329
2021-06-10 17:00:00 8.006626 8.006626 8.384468
2021-06-09 17:00:00 5.176584 5.176584 8.325763
2021-06-08 17:00:00 5.813271 5.813271 8.246150
2021-06-07 17:00:00 17.032967 17.032967 8.516746

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-13 17:00:00 1.222222 1.222222 2.297727
2021-06-12 17:00:00 2.616279 2.616279 2.291690
2021-06-11 17:00:00 2.035398 2.035398 2.250292
2021-06-10 17:00:00 3.984820 3.984820 2.140509
2021-06-09 17:00:00 1.855976 1.855976 2.108024
2021-06-08 17:00:00 3.722084 3.722084 2.036125
2021-06-07 17:00:00 2.183406 0.855066 1.926377

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-13 17:00:00 4.124716 4.124716 3.989350
2021-06-12 17:00:00 4.539164 4.539164 3.798665
2021-06-11 17:00:00 4.483948 4.483948 3.655013
2021-06-10 17:00:00 4.864594 4.864594 3.588967
2021-06-09 17:00:00 4.272076 4.272076 3.450880
2021-06-08 17:00:00 1.804492 2.518499 3.294275
2021-06-07 17:00:00 6.256901 6.256901 3.299782

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-13 17:00:00 1.351351 0.774593 1.341743
2021-06-12 17:00:00 1.528384 1.528384 1.375693
2021-06-11 17:00:00 0.805802 0.805802 1.386588
2021-06-10 17:00:00 1.995723 1.995723 1.441471
2021-06-09 17:00:00 1.228501 1.228501 1.537349
2021-06-08 17:00:00 1.565996 1.565996 1.566876
2021-06-07 17:00:00 0.863132 0.507246 1.680374

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-13 17:00:00 2.240823 2.240823 2.370574
2021-06-12 17:00:00 1.933869 1.933869 2.446864
2021-06-11 17:00:00 2.093348 2.093348 2.521154
2021-06-10 17:00:00 2.950792 2.950792 2.544880
2021-06-09 17:00:00 2.318048 2.318048 2.640241
2021-06-08 17:00:00 2.449495 2.449495 2.731503
2021-06-07 17:00:00 2.090079 2.529400 2.719480

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-13 17:00:00 3.163950 3.163950 3.600548
2021-06-12 17:00:00 3.177570 3.177570 3.810852
2021-06-11 17:00:00 3.420843 3.420843 3.977571
2021-06-10 17:00:00 3.365033 3.365033 3.959636
2021-06-09 17:00:00 5.338542 5.338542 4.215062
2021-06-08 17:00:00 2.685110 2.685110 4.280785
2021-06-07 17:00:00 -2.010050 1.674341 4.466110

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-13 17:00:00 0.649351 0.649351 0.820898
2021-06-12 17:00:00 1.149425 1.149425 0.825949
2021-06-11 17:00:00 0.247525 0.247525 0.815066
2021-06-10 17:00:00 1.188119 0.594059 0.842729
2021-06-09 17:00:00 0.635593 0.635593 0.868397
2021-06-08 17:00:00 1.910828 1.910828 0.902849
2021-06-07 17:00:00 1.382488 1.382488 0.908005

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-13 17:00:00 18.604651 1.545894 4.063387
2021-06-12 17:00:00 2.780049 6.284658 4.190462
2021-06-11 17:00:00 2.202643 2.202643 4.145757
2021-06-10 17:00:00 4.810997 4.810997 4.312096
2021-06-09 17:00:00 3.881701 3.881701 4.385586
2021-06-08 17:00:00 4.229607 4.229607 4.291654
2021-06-07 17:00:00 1.762115 1.762115 4.290330

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-13 17:00:00 2.222222 2.222222 2.652565
2021-06-12 17:00:00 1.345291 1.345291 2.698504
2021-06-11 17:00:00 3.498542 3.498542 2.706567
2021-06-10 17:00:00 2.089552 2.089552 2.818680
2021-06-09 17:00:00 4.214559 4.214559 2.877252
2021-06-08 17:00:00 3.281250 3.281250 3.000479
2021-06-07 17:00:00 2.395210 2.395210 2.985333

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-13 17:00:00 1.966011 1.966011 2.393390
2021-06-12 17:00:00 1.648654 1.648654 2.506545
2021-06-11 17:00:00 2.552157 2.552157 2.624148
2021-06-10 17:00:00 2.990613 2.990613 2.777681
2021-06-09 17:00:00 3.010989 3.010989 2.897995
2021-06-08 17:00:00 2.252992 2.252992 3.039753
2021-06-07 17:00:00 3.898635 2.190341 3.182662

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-13 17:00:00 11.496063 21.496063 9.033031
2021-06-12 17:00:00 10.937500 10.937500 8.802293
2021-06-11 17:00:00 7.808143 7.808143 8.444409
2021-06-10 17:00:00 4.963680 4.963680 8.484060
2021-06-09 17:00:00 15.188834 15.188834 8.707789
2021-06-08 17:00:00 5.030030 5.030030 8.659281
2021-06-07 17:00:00 9.135400 9.135400 8.738255

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-13 17:00:00 0.717080 0.717080 0.976049
2021-06-12 17:00:00 0.806127 0.806127 1.029135
2021-06-11 17:00:00 1.024390 1.024390 1.152307
2021-06-10 17:00:00 0.698273 0.698273 1.264478
2021-06-09 17:00:00 1.436893 1.436893 1.376026
2021-06-08 17:00:00 0.876644 0.876644 1.479789
2021-06-07 17:00:00 0.674663 0.674663 1.584045

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-13 17:00:00 5.998033 8.980662 6.109004
2021-06-12 17:00:00 5.962367 5.962367 5.958032
2021-06-11 17:00:00 5.146089 5.146089 5.928327
2021-06-10 17:00:00 5.304445 5.304445 5.919212
2021-06-09 17:00:00 5.238173 5.238173 5.905358
2021-06-08 17:00:00 5.432855 5.432855 5.890942
2021-06-07 17:00:00 4.961832 8.715013 5.903436

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-13 17:00:00 2.583491 2.583491 2.774479
2021-06-12 17:00:00 3.087333 3.087333 2.769433
2021-06-11 17:00:00 2.511612 2.511612 2.742842
2021-06-10 17:00:00 2.843137 2.843137 2.763866
2021-06-09 17:00:00 2.219116 2.219116 2.769281
2021-06-08 17:00:00 1.839738 3.147997 2.786130
2021-06-07 17:00:00 6.065201 2.954210 2.777382

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-13 17:00:00 2.558140 2.558140 3.736253
2021-06-12 17:00:00 4.861111 4.861111 3.922663
2021-06-11 17:00:00 2.787456 2.787456 4.072392
2021-06-10 17:00:00 5.235602 5.235602 3.970507
2021-06-09 17:00:00 3.448276 3.448276 4.072577
2021-06-08 17:00:00 4.812030 4.812030 4.030718
2021-06-07 17:00:00 4.054054 1.111111 3.915252

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-13 17:00:00 0.645161 0.645161 2.709568
2021-06-12 17:00:00 1.600000 1.600000 2.837330
2021-06-11 17:00:00 2.797203 2.797203 3.010628
2021-06-10 17:00:00 6.666667 3.333333 3.122390
2021-06-09 17:00:00 3.278689 3.278689 3.369102
2021-06-08 17:00:00 5.442177 5.442177 3.603031
2021-06-07 17:00:00 9.677419 2.459016 4.057370

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-13 17:00:00 8.018433 8.018433 5.691502
2021-06-12 17:00:00 4.977712 4.977712 5.665312
2021-06-11 17:00:00 5.992218 5.992218 5.650574
2021-06-10 17:00:00 5.060380 5.060380 5.593982
2021-06-09 17:00:00 5.445117 5.445117 5.516078
2021-06-08 17:00:00 8.074534 8.074534 5.482653
2021-06-07 17:00:00 3.049759 3.049759 5.433539

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.408451 1.408451 2.875231
Basilicata 14.673913 8.219178 9.424791
Calabria 4.989605 4.989605 4.453896
Campania 3.667665 3.667665 3.234471
Emilia-Romagna 10.049020 10.049020 8.063858
Friuli Venezia Giulia 1.222222 1.222222 2.297727
Lazio 4.124716 4.124716 3.989350
Liguria 1.351351 0.774593 1.341743
Lombardia 2.240823 2.240823 2.370574
Marche 3.163950 3.163950 3.600548
Molise 0.649351 0.649351 0.820898
P.A. Bolzano 18.604651 1.545894 4.063387
P.A. Trento 2.222222 2.222222 2.652565
Piemonte 1.966011 1.966011 2.393390
Puglia 11.496063 21.496063 9.033031
Sardegna 0.717080 0.717080 0.976049
Sicilia 5.998033 8.980662 6.109004
Toscana 2.583491 2.583491 2.774479
Umbria 2.558140 2.558140 3.736253
Valle d'Aosta 0.645161 0.645161 2.709568
Veneto 8.018433 8.018433 5.691502

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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